2009-01-29

[教學] 生醫影像分析軟體--ImageJ

相信許多朋友也許也在找一種影像軟體,可以自動幫你計算細胞數,比方說常常用使用4'-6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI),或是用其它的抗體 在做免疫染色(Immunohistochemistry Staining),要如何把影像的資訊數量化呢?最常用的就是計算染色的細胞數。那有沒有軟體可以自動幫你算細胞數呢? 大概在90年中就有人在做這種影像分析,在2000年左右也有不少文章介紹各實驗室自己開發的軟體,也免費的提供下載。最近由豬排飯同學介紹一套軟體ImageJ,是由National Institutes of Health (NIH)所開發免費且跨平台(windows、Mac、Linux都可用)的影像分析軟體,試用一下覺得相當好用。請參考以下之教學:



step 1.

先下載安裝ImageJ軟體: http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html

請依據不同作業系統選擇適合的版本



step 2.

打開軟體,再開啟要分析的圖片(File->Open)。




























step 3.

設定分析影像的閾值(Image->Adjust->Threshold, 或快捷鍵Ctr+Shift+T)



























step 4.

調整閾值再按set決定。























step 5.

選擇analyze particle(Analyze->Analyze particle)
並且記得要選擇summarize,才會有分析的結果。

























step 6.
分析結果,可以看到原圖像的視窗會出現電腦判讀的數據,summary會顯示個數及分析影像的區域大小





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