2009-01-29

[教學] 生醫影像分析軟體--ImageJ

相信許多朋友也許也在找一種影像軟體,可以自動幫你計算細胞數,比方說常常用使用4'-6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI),或是用其它的抗體 在做免疫染色(Immunohistochemistry Staining),要如何把影像的資訊數量化呢?最常用的就是計算染色的細胞數。那有沒有軟體可以自動幫你算細胞數呢? 大概在90年中就有人在做這種影像分析,在2000年左右也有不少文章介紹各實驗室自己開發的軟體,也免費的提供下載。最近由豬排飯同學介紹一套軟體ImageJ,是由National Institutes of Health (NIH)所開發免費且跨平台(windows、Mac、Linux都可用)的影像分析軟體,試用一下覺得相當好用。請參考以下之教學:



step 1.

先下載安裝ImageJ軟體: http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html

請依據不同作業系統選擇適合的版本



step 2.

打開軟體,再開啟要分析的圖片(File->Open)。




























step 3.

設定分析影像的閾值(Image->Adjust->Threshold, 或快捷鍵Ctr+Shift+T)



























step 4.

調整閾值再按set決定。























step 5.

選擇analyze particle(Analyze->Analyze particle)
並且記得要選擇summarize,才會有分析的結果。

























step 6.
分析結果,可以看到原圖像的視窗會出現電腦判讀的數據,summary會顯示個數及分析影像的區域大小





32 則留言:

  1. 請問要分析前要先做比例尺校正嗎?
    比例尺校正 又是要點選哪邊呢?
    最近剛在學這軟體 有點不太熟 謝謝

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  2. hello小羊你好,
    如果只是要數細胞數是不用做比例尺校正,如果你要算面積或長度,可以在analyze下選擇設定set scale,就可以將1 pixel換算成指定長度。

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  3. 您好
    我想請問一下,如何使用這套軟體算出細胞的密度??

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  4. 密度,是指單位面積裡的細胞數嗎?
    你要知道你分析細胞數影像的實際面積大小,所以必需先要有比例尺,即可換算。

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  5. 請問要怎樣計算免疫組織染色的細胞數 最快的方法是什麼

    謝謝

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  6. 請問如何使用image j 分析RGB?

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  7. 可以讓我看一下原圖是什麼樣子嗎? 會比較容易回答
    但是通常轉成黑白8-bit就可以直接load
    然後一樣可以分析

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  8. 請問用confocal拍照出來的照片如何去算單位體積的positive cell?

    因為cell必須是紅光跟綠螢光都有呈現才算是我想要的~

    另外照片的面積比例尺要如何設定?可以教學一下~麻煩了!謝謝!

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  9. 如果是要看double labeled細胞,方法還是雷同,將照片轉換成黑白,double labeled細胞"通常"會比較亮,所以在設定parameter的時候要小心選擇剛好能數到double labeled細胞,應該就可以
    比例尺要在原圖上用軟體標註(通常拍照軟體上會有比例尺的選項),再將1pix=?mm的資訊設在ImageJ裡就可以
    您說的體積是否應該由面積來估算?

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  10. 請問,若我要如何換算這整張圖中,細胞的總面積佔整張圖像中的百分比呢?

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  11. 請問,是否可以由此軟體測出兩片蛋白質2維電泳的圖片,上面的spot有何不同?

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    1. 我本身是很少接觸2D電泳,但是如果二個蛋白質有比較明顯不同,通常是比較容易區分。也可以將幾次2D電泳結果先轉為不同的顏色最後將顯像疊合,可以加強相同蛋白的影像強度,這樣就更容易區分不同蛋白。

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  12. 請問:1.我要如何計算細胞長度,可以開另一篇教學嗎?2.在計數中,我調整閥值,電腦都沒有反應,會有什麼情況會影響?3.如果我的比例呎為10um,
    要如何知道1pix=?,set scale設定數據要如何寫?謝謝!!

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    1. 1. 計算細胞長度要先有設比例尺,這和你問題3相關,通常很多拍照的軟體會附上加比例尺的功能,要先加上依比例換算。如果真的不知道你的比例尺是多少pixel,用繪圖軟體將比例尺(如:photoshop)剪下另存新檔就可以知道。細胞長度就依比例尺換算。另外有時間會再寫教學。
      2. 我不是很清楚您操作方式,可以將圖檔寄給我試試。
      3. 如解說1。

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  13. 请问:我用Olympus BX40显微镜镜 DP72 CCD拍照荧光照片,40倍,1360x1024 pixels,照片的比例尺如何设定?

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    1. 在您拍照的軟體應該有比例尺的功能,如果可以就加一個比例尺在圖上,就可以換算,因為照片像素和CCD的大小及解析度有關係,所以還是要以圖例上的比例尺換算才會準確。

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  14. 哈囉 想請教您一下
    假設是奈米線
    有辦法計算奈米線的長度數量分佈嗎?
    或寬度數量分佈?

    奈米球的部份我會計算了
    可是線的部分
    我還不知道要怎麼處理
    如果您會的話 在請您幫忙指導我一下
    感謝~

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    1. 您如果假設奈米線的寬度都是一樣或是很接近一樣,面積是長X寬,所以就以總面積除以寬就可以得到近似的總長。這精確度決定於您的影像及閾值的設定。

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  15. 了解 謝謝你的提點
    不過因為 奈米線會有交叉重疊的部分
    好像不那麼好判斷 長度和數量 囧

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    1. 如果可以將其打得比較散就可以分辨,或是在小區域裡沒有重疊影像來計算。

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  16. 不好意思我想問請教一個問題
    我的實驗結果圖是CONFOCAL 螢光染色圖
    我想要看在細胞核裡蛋白的表現亮(單一螢光)
    請問要怎麼選取範圍得到定量直

    P.S 請問如果是單一螢光(EX:只有紅螢光)的話還需要將圖片轉成黑白的嗎?
    可以直接用彩色下去定量嗎@@?


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    1. 用灰階來定量會比較準,因為如果是紅色螢光,拍照如果是彩色有256X256X256色階(RGB三色),理論上只有紅光應該只有R channel會有數值,但事實上會有不同。如果要定量,最好還是用灰階來做比較好。

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  17. 不好意思請問一下~我要計算IHC中以DAB label到的細胞與其面積的比值,請問
    1.圖中求出的count就是label到的細胞數嗎?
    2.total area的單位是pixle嗎?
    3.是否有方法可以只圈選圖中一塊區域然後計算那塊區域的大小跟那塊區域裡面被label到的細胞數?
    我有照著您的教學操作過幾次,但是對於求出來的結果不是很了解,重點是我只有要求一小個部分的數量,可是我怎麼用工具圈選他都還是掃整張圖...如果真的沒有辦法我就要用小畫家或是photoshop先把我要的區域剪下來再掃了 哭哭
    有勞您了OAQ

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    1. 1,是細胞數沒錯。
      2,單位是pixel平方
      3,工具列上有很多圈選的工具,只要加上圈選後就可以計算有興趣的區域(ROI)分析。

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    2. 那我晚點再試試看 謝謝你:)

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  18. 不知道還能不能問問題@@?
    我想知道是否能夠固定選取範圍?因為做了幾十個塗盤,照片太亮在做菌落選取的時候會一併選到plate,想先圈出要計算的地方,但是不知道有甚麼比較方便的方法可以每一張圖都選到同樣的大小跟範圍,感恩喔!!

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  19. I am not sure but can you adjust the image contrast to get a better image area instead?

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  20. 請問可以用image J算出colocalize的百分比嗎?

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  21. 請問有辦法應用在手機顯微鏡上嗎

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  22. 請問有辦法應用在手機顯微鏡上嗎

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  23. 有相關的設備說明嗎?

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  24. 您好,我想請問:
    因為我是做IHC DAB stain,如果我要算成色強度要如何用image J分析?

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