2009-03-15

[教學] ImageJ應用--定量電泳條帶

之前介紹過ImageJ這套軟體可以自動幫你計算細胞數,但是這套軟體還有相當多的應用,好比平常我們實驗室跑DNA電泳或是Western blot要做定量分析的時候,除了很多廠商會附一些軟體可以使用,你也可以用ImageJ來分析。

step 1. 首先打開軟體後,開啟圖檔
























step 2. 請先做校正,選擇Analyze底下的Calibrate選項,再選擇校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok
按下ok之後會出現校正的圖形








































Step 3. 在要分析的第一條(first lane)加上一個長型框(工具列第一個選項),再按下Analyze/Gels/select first Lane 快速鍵(Ctr+1),此時框架中會出現一個號碼1,之後可以移動框架到第二個lane再選擇Analyze/Gels/select second Lane 快速鍵(Ctr+2),當然可以一直加下去,最後按Analyze/Gels/plot Lanes快速鍵(Ctr+3)。



















Step 4. 分析以後會出現圖型表示你剛選擇的框內的影像強度,此時可以看到有幾個比較高的區段,就是我們想定量的band,使用直線工具(工具列第五個選項)先將圖形中高點為有band的區域和沒有band的區域分開再,使用魔術棒工具(工具列第八個選項)點選要分析的區域。

























Step 5. 當我們點選分析時,在result的對話視窗會出現分析的數據,依序點選就會出現每個band的值。





































註:當我們選擇分析的條帶也可以是橫向選取,就可以只比較相同大小的DNA的含量,同樣也可以應用在western blot或其它類似實驗條帶的分析上。

14 則留言:

  1. 感謝您的教學
    我覺得非常受用!!

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  2. 其實還有一些教學,還沒時間好好整理一下:p

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  3. 小小研究生2010/6/23 下午3:25

    你好~我想請問~step 3 要怎麼選取second lane,我在這個步驟卡住了>_< Ctrl+2也無法框選第二個lane....

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  4. 你用的是什麼樣的作業系統,這DEMO是用WINDOWS,如果用MAC的快速鍵會不一樣

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    1. 我也有一樣的問題耶,我ㄉ快速鍵沒錯,但是她一直跳出''selection must be the same size.''

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    2. 按下command+1之後
      框框會出現數字1
      接者滑鼠直接按住數字往第二條Lane拉
      你會發現拉出了一個大小完全一樣的新框框
      拉好之後按command+2
      以此重複

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  5. Hello Orgg Lee:
    請問你有沒有試過protein染coomassie blue掃Typhoon,再用imageJ定量? 這樣定量準嗎?

    有沒有standard protocol可以分享? 謝謝。

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    1. 自問自答:可以是準的,只要找到線性區間即可。

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  6. to Zornhuah
    因為我沒有做過你說的染色方法,所以我很難回答,但是如果要真正用imageJ定量,也許要再試用很多不同濃度來先做standard curve,再與未知濃度相比。

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  7. 所以要這樣定量的話,就必須要有某一個band是已知濃度的是嘛,例如marker或是自己配的bsa之類的,然後step 5得到的數值就是直接等比例換算嗎?

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  8. 是的,你要知道某條band的濃度才能做比較
    要比較精確應該要知道二條band的濃度,然後可以利用內差或外差方式去換算其它DNA的濃度,理論上DNA濃度高,band是愈亮,但是因為照像設備差異,不一定會是完全可以用比利換算濃度,能用內差或外差法會比較準確。

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  9. 我在第1步卡住,因为说uncalibrate只能用於固定幾個8-bit的图像,怎麼辦

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  10. 卡住了,按下command+1之後
    框框會出現數字1
    接者滑鼠直接按住數字往第二條Lane拉
    有拉出了一個大小完全一樣的新框框
    拉好之後按command+2
    ,但是數字2重疊在1,無法出現在下一個lane

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