2010-03-29

生命科學線上--二歲生日快樂!

生命科學線上在歐格.李同學出國流浪之後,有見國外學習資源豐富,而開始有創立一個科學的部格格的念頭。當然開一個網站在現在的科技幫助下並不是難事,只是要怎樣去維持,持續的更新很多新知給各位讀者才是最難的。二年之中也是有些起起伏伏,加上有一陣子也在忙著找尋下個落腳處,也沒有多的時間能夠花在管理網站上,不過好消息是 ,歐格.李同學又朝邁進科學家的腳步更近一些了!

然後之前在開發一些服務的部份,將會暫停,但是您現在也可以加入facebook上生命科學線上的fans專頁了,希望能更有效的聽到讀者的聲音,也感謝所有開站二年來讀者的鼓勵,我們會再加油提供新的知識給各位!

生命科學線上,生日快樂!

[專題] 視覺錯覺 (一) Müller-Lyer illusion


我們平常生活最重要的感官之一,便是視覺,但是我們平時生活已經習慣用某種特定模式去解讀我們生活的環境,比方說,我們身處在一個3D的環境裡,我們是如何解讀一個物體是立體或是平面?我們如何分辨物體的遠近? 我們已經無時無刻用我們習以為常的方式去解讀一個3D的物體,這被稱為實證經驗(emprical experience)。

例如一個例子為Müller-Lyer illusion,如果你現在將一段帶有劍頭的線段,要再加上一個劍頭將此線段平分成二段,那請你判斷以下哪個圖例才是真的將線段平分。


圖一
圖二

大多數的人在一開始的時候都會選擇圖一,但是正確答案應該是圖二,不相信的話,請看圖三的比例尺,綠色的標記代表是中點,也是圖二的劍頭所在的位置。你也可以上此網站自己動手試一下。
圖三

然而生活中我們早就習以為常將平面的線條,尋找以3D的方式解讀,所以才會造成這樣的錯覺,例如在圖四中,二段紅色線段哪一段比較長? 答案是二段一樣長,為什麼總是會解讀在右邊的線段比左邊線段長? 雖然這個錯覺的現象在19世紀就被發現,但是仍然是缺少一個比較科學的驗證的解釋,不過現在我們知道的能夠解釋的理由正是因為我們生活中的實證經驗造成,在圖四中,假設我們只看簡單的直線線條不管圖中的人像,我們仍然下意識的去解讀圖像為3D影像,以至於在右邊紅色線段應該是處於比較遠的地方,而左邊的紅色線段是比較靠近我們現在觀測的地方,所以我們會解讀是否二段線段如果看起來差不多時,比較遠的線段應該要比較長。
圖四

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2010-03-23

[教學] ImageJ--ROI分析應用

在之前ImageJ的教學中有介紹過如何計算細胞數,或是分析電泳條帶定量,但是有一些因為會造成影像並非適合以上二種方法分析,以一些其它分析目的,比方說像是有網友問到要分析牙齒上斑點區域大小占牙齒面積百分比,或是培養的細胞占培養皿的面積比例…等。如果想要分析的區域和背景色很接近的情況下,要使用自動分析會有點困難,那只能利用手動框取要分析的區域,設定為ROI (Region of Interest)。

例如:陳同學提供的影像,要分析細胞往內生長所占的面積與黑框面積大小之比例。

解決方法一:螢光染色,例如DAPI。再重拍影像,接下來就用教學的方式就可以知道細胞總數及區域大小,再與黑框相比即可 。

解法方法二:用曲線工具,手動畫出細胞邊緣,再將黑框畫設定為ROI,最後按下分析,就可以得到曲線內的大小與ROI大小,即可算出比例,但這是假設細胞都只會從黑框由外往內生長的前提下。

STEP1: 用工具列長方形工具(工具列左上第一個工具),選取指定黑框大小。




















STEP2: 再至分析工具下,選擇工具子頁裡的ROI MANAGER,按下新增(ADD)就會出現指定的ROI。





















STEP3:框取要分析區域大小,用Freehand selection(上方工具列左數第四個工具),再手動框取,同樣在ROI Manager新增ROI
註:選擇的範圍如果和前一個區域如果重疊,要先移除之前的選取範圍,或是在ROI Manager按Measure也可以。




















STEP4: 選擇好ROI後,按下Measure就可以,就會列出指定ROI的大小。
















STEP5:完成,只要將區域1和區域2做比例換算即可
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