2010-03-23

[教學] ImageJ--ROI分析應用

在之前ImageJ的教學中有介紹過如何計算細胞數,或是分析電泳條帶定量,但是有一些因為會造成影像並非適合以上二種方法分析,以一些其它分析目的,比方說像是有網友問到要分析牙齒上斑點區域大小占牙齒面積百分比,或是培養的細胞占培養皿的面積比例…等。如果想要分析的區域和背景色很接近的情況下,要使用自動分析會有點困難,那只能利用手動框取要分析的區域,設定為ROI (Region of Interest)。

例如:陳同學提供的影像,要分析細胞往內生長所占的面積與黑框面積大小之比例。

解決方法一:螢光染色,例如DAPI。再重拍影像,接下來就用教學的方式就可以知道細胞總數及區域大小,再與黑框相比即可 。

解法方法二:用曲線工具,手動畫出細胞邊緣,再將黑框畫設定為ROI,最後按下分析,就可以得到曲線內的大小與ROI大小,即可算出比例,但這是假設細胞都只會從黑框由外往內生長的前提下。

STEP1: 用工具列長方形工具(工具列左上第一個工具),選取指定黑框大小。




















STEP2: 再至分析工具下,選擇工具子頁裡的ROI MANAGER,按下新增(ADD)就會出現指定的ROI。





















STEP3:框取要分析區域大小,用Freehand selection(上方工具列左數第四個工具),再手動框取,同樣在ROI Manager新增ROI
註:選擇的範圍如果和前一個區域如果重疊,要先移除之前的選取範圍,或是在ROI Manager按Measure也可以。




















STEP4: 選擇好ROI後,按下Measure就可以,就會列出指定ROI的大小。
















STEP5:完成,只要將區域1和區域2做比例換算即可

3 則留言:

  1. 請問這個絕對單位是甚麼呢?謝謝

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  2. 單位是PIXEL,也可以將pixel對應到多少mm就可以直接轉換成別的單位

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  3. 請問一下

    STEP5 中的 Mean MIn Max 各代表什麼數值?

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